Cerita Sebelumnya Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan Tobi dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. 

Sasuke yang telah bertemu dengan Deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi. Deidara mengeluarkan sebuah jurus rahasianya yang hanya ia pakai saat ia melawan itachi. Deidara memakan tanah liat miliknya dan membuat replika tubuhnya.

Sasuke yang melihat replika itu menyangka itu adalah bom besar, tapi ternyata itu adalah suatu bom yang membuat benda disekitar daerah itu menjadi lenyap berkeping-keping. Sasuke yang sudah membaca jurus itu membuat duplikat seolah-olah ia terkena jurus itu. Lalu ketika Deidara terkagum karena telah mengalahkan Sasuke, serangan mendadak langsung dilancarkan oleh Sasuke. 

Pertarungan mereka diakhiri dengan sebuah ledakan bunuh diri oleh Deidara. Kelompok Naruto dan juga anggota Akatsuki lainnya merasakan kekuatan dari chakra Deidara. Naruto dan kelompok lainnya segera menuju tempat ledakan itu. Suigetsu mengeluarkan gulungan yang bergambar ular, seketika keluarlah Manda yang terkena genjutsu oleh Sasuke. Sementara itu ketua Akatsuki yang bernama Pain dan anggota perempuan Akatsuki Konan bertemu dengan Uchiha Madara (Tobi) dan Uchiha Madara menyuruhnya untuk menangkap Naruto. Sementara itu Naruto bertemu Itachi dan melawannya, Itachi kalah namun ternyata itu hanya ilusi Itachi. Cerita Selanjutnya

Cerita Sebelumnya Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu Sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin. Setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan Suigetsu. Sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. Satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo.

Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai ke-2-nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke, namun ditahan oleh sayap milik Sasuke. Lalu Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya menjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yang dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua", dan mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya!! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". Saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo, Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan Juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika Juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke, ia pun ikut bergabung.

Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya adalah "Hebi", yang artinya adalah ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi". Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yang merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke. 

Disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai".

Cerita Sebelumnya Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan, dan ditengah-tengah para ninja terlihat Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. Setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura yang sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken, lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu.

Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama. Setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak, mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru, sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang. Akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik Sasuke tersebut, ia menghunuskan ke Orochimaru, dan tubuh Orochimaru pun tewas. 

Namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular putih. Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai ke-2-nya. tiba-tiba Sasuke terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya, lalu Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dan memasukan kedalam tubuh Orochimaru. Ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain, hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya, dan akhirnya Orochimaru kalah. Cerita Selanjutnya

Pencarian Anggota Akatsuki

Cerita Sebelumnya Sementara Naruto sedang berlatih dengan Kakashi, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru, Izumo dan Kotetsu (2 Jonin yang membantu Asuma dan Shikamaru) bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, dia tetap masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jutsu Hidan, yaitu semua luka yang diderita hidan akan mengenai orang yang darahnya telah digunakanya untuk segel jutsu itu. Asuma pun nyaris mati terkena jutsu ini, beruntung Choji dan Ino datang membantu. Tetapi semuanya sudah terlambat, dan Asuma meminta dinyalakan rokok terakhir untuknya oleh Shikamaru. Shikamaru dengan penuh haru menyalakkan rokok dimulut Asuma untuk terakhir kalinya sambil menangis ditengah hujan.

Pembalasan Shikamaru

Shikamaru lalu merencanakan penyerangan kedua melawan Hidan dan Kakuzu yang telah membunuh Asuma. Diluar dugaan, Kakashi ikut membantu tim Shikamaru mencari dan menghancurkan dua anggota Akatsuki tersebut. Mereka lalu bertemu di dekat hutan milik keluarga Nara. Shikamaru memancing Hidan bertarung satu lawan satu dengannya, sementara Kakashi, Choji dan Ino melawan Kakuzu. Shikamaru berhasil menjebak Hidan dan menghancurkan tubuhnya, lalu menguburnya kedalam lubang besar yang sudah disiapkan. Hidan lalu berteriak-teriak mengutuk Shikamaru, tetapi tidak digubris oleh yang bersangkutan. Shikamaru malah mengatakan bahwa dia hanya percaya pada Tekad Api Konoha.

Kakashi yang melawan Kakuzu berhasil membunuh 2 dari 5 jantung milik Kakuzu. Ketika keadaan hampir gawat, Naruto, Yamato, Sakura dan Sai datang membantu. Sai dan Sakura diperintahkan untuk membantu Shikamaru, sedangkan Yamato dan Naruto membantu Kakashi dkk. Naruto yang ingin membuktikan bahwa dia telah berubah dan menjadi lebih dewasa dan baik, meminta kepada yang lainnya untuk tidak ikut campur ketika dia akan bertarung dengan Kakuzu. Kakashi mengatakan, jika dia tidak berhasil mengalahkan Kakuzu, maka dia masih tetap ninja berisik seperti dulu. Naruto lalu mengeluarkan jutsu andalannya yang baru dipelajari, Fuuton: Rasengan Shuriken. Setelah serangan pertama kali gagal, Naruto dengan cerdik menggunakan kagebunshin no jutsu untuk mengalihkan perhatian musuhnya. Kakuzu akhirnya berhasil dikalahkan setelah ledakan dramatis akibat jutsu Rasengan shuriken yang mengenai targetnya. Mereka semua lalu pulang ke Konoha, menunggu misi selanjutnya sambil menjalani kehidupan seperti biasa. Cerita Selanjutnya

Cerita Sebelumnya Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan mangekyou sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang anbu yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "Roots" bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "Roots". Karena ketidak kompakan tim, Yamato murka dan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Disini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang anbu yang mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.

Mereka pun lalu pergi ke Tenchikyo untuk menemui mata-mata Sasori yang tidak lain adalah Kabuto ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terhindarkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan atau pun lawan. Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan chakra kayu (yang sama dengan chakra Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.

Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urungkan karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu mengalahkan mereka semua dan tim Yamato pulang ke konoha dengan penuh kekecewaan.

Naruto yang merasa kecewa lalu meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrim (Taju Kagebunshin), cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu memotong air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam rasengan tersebut. Cerita Selanjutnya