Nagisa dan Tomoya menikah di catatan sipil, tanpa resepsi. Nagisa akhirnya tinggal bersama Tomoya. Hari-hari mereka lalui dengan ceria, sebagai pengantin baru. Sayangnya, sangat disayangkan, apa mimin yang kelewatan, sama sekali nggak ada kissu scene mereka. Huft! (BT soalnya di Kyou Chapter Another World ada).

Hingga saatnya Nagisa hamil. Wew, semua anggota keluarga berbahagia. Tapi kebahagiaan hanya sampai saat Nagisa sakit kembali ditengah kehamilannya. Ini benar-benar menyedihkan. Nagisa menolak mengugurkan kandungannya. Ia ingin melahirkan bayinya. Akhirnya Tomoya setuju. Namun ternyata Nagisa melaahirkan 2 minggu lebih cepat dari prediksi. Malam itu salju tebal turun sehingga mobil tak bisa jalan dan Nagisa harus melahirkan di rumah. Bagi Tomoya, waktu itu adalah waktu yang sangat panjang sampai ia mendengar suara tangisan bayi. Bayi Nagisa dan Tomoya, Ushio. Tomoya sangat bahagia, namun kebahagiaannya sirna saat Nagisa berhenti bernafas.

Sejak hari itu, Tomoya hidup karena ia bernafas. Ia tak bisa mati dan harus menjalani kehidupan seperti biasa. Ia bekerja hanya karena ia hidup. 5 tahun ia tidak punya semangat hidup. Ia bahkan mengabaikan Ushio yang tinggal bersama Ayah dan Ibu Nagisa. Menyedihkan! Hal ini juga yang dialami ayah Tomoya dulu, tapi pada akhirnya Tomoya melakukan hal yang sama.

Namun Sanae, ibu Nagisa tidak menyerah membuat Tomoya agar mau berkumpul bersama Ushio. Ia bahkan merencanakan Piknik bersama Ushio dimana pada akhirnya Ushio dan Tomoya-lah yang pergi. Mereka pergi ke sebuah desa dimana ada padang bunganya. Ushio bermain dengan robot pemberian ayahnya di taman bunga itu. Semetara Tomoya memperhatikannya dan sebuah kenangan muncul.

Tomoya bertemu neneknya disana yang menceritakan kisah Ayah Tomoya dulu. Ayah Tomoya menikahi ibu Tomoya saat mereka lulus SMA. Sama seperti Tomoya, Ayahnya juga sangat mencintai ibunya. Ayahnya mencari nafkah untuk istrinya dan melahirkan Tomoya. Hari-hari yang sungguh indah sampai ibu Tomoya meninggal. Ayah Tomoya juga sempat terpuruk setelah istrinya meninggal, tapi kemudian ia sadar bahwa ia harus menafkahi Tomoya. Tomoya selama ini melupakan kenangan itu. Bahwa ayahnya sangat baik padanya. Meskipun sering meninggalkan Tomoya sendirian dirumah, Ayahnya selalu tidak lupa membelikan makanan untuk Tomoya. Tomoya lupa akan hal itu. Nenek berkata kalau kehidupan ayah Tomoya amatlah sulit saat itu. Setelah istrinya meninggal, ia harus memikirkan Tomoya, perusahaan ayahnya bangkrut dan hutangnya banyak. Makanya ayah Tomoya mabuk-mabukan. Tapi ia tak pernah berhenti memikirkan Tomoya.

Tomoya tersadar, bahwa dirinya adalah anak yang jahat. Ia juga ayah yang jahat pada Ushio. Ia sadar sekarang ia adalah seorang ayah. Ia menemui Ushio yang tengah mencari robot yang hilang. Dan adegan mengharukan pun terjadi. Saat Tomoya minta Ushio tidak usah mencari robot itu lagi, karena mereka bisa membeli yang baru. Tapi Ushio menolak, karena itu adalah hadiah pertama dari ayahnya, ia harus mencarinya. Siapa ayah yang tidak akan menangis mendengar itu?

Bahkan Ushio pun ingin menangis. Tapi Sanae mengajari Ushio bahwa ia tak boleh menangis, Ushio hanya boleh menangis di dalam kamar mandi dan dipelukan ayahnya. Well, setelah mengajak Ushio tinggal bersama, akhirnya ayah dan anak ini menangis berpelukan. :')

Ushio dan Tomoya mulai hidup bersama. Kehidupan ayah dan anak yang menyenangkan. Pagi hari Tomoya mengantar Ushio ke TK dan siangnya ia menjemput Ushio. Ushio di rumah sendiri sampai malam tiba. Begitulah setiap hari berlalu dengan indah. Bahkan makin menyenangkan saat Tomoya tahu Kyou adalah guru Ushio di TK itu. Namun kesenangan hanya sampai sebelum festival olahraga di TK itu, karena Ushio sakit. Sama seperti penyakit Nagisa. Bahkan lebih parah. Ushio sakit sampai beberapa bulan. Hikkkkzzzzz. Seperti yang kalian tahu, Ushio meninggal dalam perjalanan piknik. Karena Ushio ngotot ingin piknik di taman bunga itu. Itu adalah kehidupan terberat seorang pria. Tomoya Okazaki, kembali mengutuk kota itu.

Dalam Clannad, sebenarnya diceritakan juga mengenai dunia ini yang terdiri dari beberapa dimensi. Bahwa kau yang ada disini, mungkin ada di dunia lainnya. Ada banyak masa depan yang bisa kau pilih. Begitulah. Di dimensi lain, di dunia yang akan berakhir, seorang gadis dan robot rongsokannya, itu adalah Ushio dan Tomoya. Bola cahaya yang mengabulkan permintaan. Mungkin Tomoya tak sadar, tapi salah satu bola cahaya sudah masuk ke tubuhnya. Dan saat ia tersadar, Tomoya kembali ke kejadian 5 tahun yang lalu. Saat Nagisa melahirkan Ushio. Nagisa selamat dan Ushio menjadi gadis yang sehat. Ingatan setelah Nagisa meninggal seolah hanya ingatan saja, seperti mimpi bagi Tomoya. Tapi menurutku itu bukan mimpi, itu sebenarnya terjadi. Tetapi saat dunia yang ditinggalkan itu berakhir, saat itulah Ushio mati. Dan saat itu terjadi, Tomoya sempat berteriak, selamatkan kami. Aku rasa itu sebabnya ia kembali ke masa 5 tahun yang lalu.

Kemudian apa yang terjadi? Nagisa dan Tomoya berbahagia dengan Ushio. Tentu saja. Menjadi orang tua bagi puteri mereka. Sanae dan Akki juga berbahagia dengan cucu mereka. Sunohara ada di desanya dan sudah memiliki pekerjaan meski ia masih ceroboh. Kyou menjadi guru TK yang disayangi muridnya. Ryou menjadi perawat. Kotomi melanjutkan penelitian ayah dan ibunya mengenai dunia lain. Fuko sadar dari koma dan menjadi sahabat Ushio. Akhir yang bahagia. Benarkan?