Cerita Sebelumnya Keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain dan juga Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pain yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya, tetapi berhasil digagalkan oleh Kakashi, dan pertarungan antara Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain. 

Tsunade yang hendak memanggil Naruto kembali, ditahan oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani tes percobaan dengan Chakra Senjutsu untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu merubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya. 

Kakashi vs Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh Pain untuk membantu Pain. Salah satu tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. Tapi karena kehebatan Kakashi, ia pun mengubah Chakranya menjadi bayangan klon petir. Tubuh Kakashi pun lemah karena melepaskan semua Chakranya. Akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi, salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi sangat membantu banyak bagi Kakashi. 

Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pain oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pain yaitu Deva. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. 

Dilain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion.

Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan pakunya, dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong Chouji yang akan melapor pada Tsunade. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi Hokage yang baru. Sementara itu, Tsunade menugaskan Katsuyu untuk mengevakuasi seluruh korban ninja Konoha. Klan Yamanaka juga ikut andil. Mereka tengah mencari informasi tentang Pain di desa Amegakure. 

Tubuh Pain yang satunya yaitu Deva, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji, beruntung digagalkan Kakashi lewat Mangekyo Sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman ninja satu timnya yaitu Uchiha Obito dan Rin. Cerita Selanjutnya