Cerita Sebelumnya Disebuah gua yang gelap Sasuke terbangun dari pingsannya dan tampak kebingungan. Saat itu tiba-tiba terdengar suara dari kegelapan gua. Suara tersebut berasal dari Tobi, Tobi pun mulai memperkenalkan diri dengan membuka topeng yang menjadi misteri selama ini. Walau belum terbuka sepenuhnya, sudah terlihat sharingan milik tobi yang membuat Sasuke sangat terkejut melihatnya. Dalam keadaan terkejut, tanpa sengaja Sasuke mengeluarkan Amaterasu. Amaterasu itu pun langsung mengenai tangan kanan Tobi kemudian membakar seluruh tubuh Tobi tanpa sisa, anehnya beberapa saat kemudian dari dalam kegelapan gua, Tobi kembali muncul tanpa luka sedikitpun. 

Sasuke yang merasa aneh dengan apa yang telah dilakukannya terhadap Tobi, bertanya kepada Tobi dan Tobi pun menjelaskan kepada sasuke mengapa ia dapat mengeluarkan Amaterasu. Tobi menjelaskan bahwa Sasuke mendapatkan jurus tersebut karena sesaat sebelum kematiannya, Itachi memberikan seluruh jurusnya kepada Sasuke. Akhirnya Tobi pun menceritakan kisah masa lalunya tentang berdirinya desa Konohagakure, kisah kekalahannya dengan Hokage pertama, dan alasan mengapa Itachi membunuh semua anggota klan Uchiha. 

Sebenarnya, Konohagakure adalah desa hasil pergabungan dan gencatan senjata antara klan Uchiha dan klan Senju. Setelah terbentuknya Konohagakure, Madara Uchiha ingin melakukan pemberontakan terhadap klan Senju yang saat itu menguasai pemerintahan. Ia mengajak sesama klan untuk melakukan pemberontakan, tapi mereka lebih cinta perdamaian dan menolak ajakan Madara. Madara pun pergi dan melawan Hokage pertama sendirian, tapi ia kalah. 

Tobi pun menjelaskan mengapa Itachi membunuh semua klan Uchiha kecuali Sasuke. Tobi memberitahu beberapa alasan yaitu karena Itachi sebagai ANBU, konoha menyuruh ia untuk menghabisi semua klan uchiha, tapi ia tidak mampu membunuh adiknya sendiri. Alasan yang kedua ia ingin Sasuke menjadi Shinobi yang kuat dengan cara membuat Sasuke membencinya, sehingga Sasuke Ingin membunuhnya. Sasuke mengenang masa lalunya bersama Itachi di pinggir laut, disana ada Karin, Jugo, Suigetsu dan Tobi. Sasuke membuat tim baru yang bernama Taka dan tujuan baru mereka untuk menghancurkan Konoha. Setelah pembentukan tim Taka, maka Tobi pun mengajak tim tersebut bergabung dengan Akatsuki.

Disisi lain Naruto yang mengetahui bahwa Jiraiya telah mati merasa sangat shock, namun kematian Jiraiya meninggalkan kode rahasia jurus khusus untuk diberikan kepada Naruto. Fukasaku sang guru dari Jiraiya mengetahui kemampuan dari Naruto dan mengajarinya teknik Sage untuk melebihi Jiraiya dan mengalahkan Pain Akatsuki.

Ditempat lain tim Taka mengejar ekor delapan yang ternyata sangat kuat sekali. Setelah mengalami berbagai banyak kesulitan dan halangan, tim Taka akhirnya bisa mengalahkan ekor delapan dengan penyelesaian 'Amaterasu' milik Sasuke, serta pengorbanan Karin dan Suigetsu. 

Naruto yang belajar menggunakan Chakra Senjutsu yang diajarkan Fukasaku sudah hampir mencapai puncaknya. 

Raikage yang mendengar bahwa ekor delapan yang merupakan adiknya ditangkap oleh Sasuke sangat geram dan memberi surat izin penangkapan Sasuke ke Konoha. Saat ekor delapan sedang disegel oleh para anggota 'Akatsuki' ternyata ekor delapan berhasil kabur. Cerita Selanjutnya