Spirit (Seirei) adalah suatu entitas yang dapat membawa kehancuran ketika mereka datang ke dunia. Mereka dapat menyebabkan spacequake, semacam gempa dalam skala ruang dan waktu yang dapat membawa dunia kepada kehancuran. Spacequake besar pertama kali terjadi 30 tahun yang lalu. AST (Anti Spirit Team) merupakan organisasi yang dibentuk untuk memusnahkan para Spirit penyebab spacequake.

Shidou Itsuka adalah seorang murid SMA yang tinggal bersama adik tirinya, Kotori Itsuka. Suatu hari ia bertemu dengan Spirit berwujud seorang gadis cantik berpakaian ungu. Dengan wajah menderita gadis itu bertanya, "apa kau kesini juga untuk membunuhku?" Tiba-tiba sekelompok orang berpakaian mecha datang menyerang gadis itu. Salah satu dari mereka adalah Origami Tobiichi, teman sekelas Shidou. Akibat pertarungan itu, Shidou tak sadarkan diri.

Ketika bangun Shidou berada pada Fraxinus, sebuah pesawat milik organisasi yang bernama Ratatoskr. Shidou terkejut ketika mengetahui pemimpin pesawat itu adalah Kotori. Kotori menjelaskan bahwa gadis yang Shidou temui adalah Spirit, dan sekelompok orang yang menyerangnya adalah AST. Ratatoskr adalah organisasi yang juga bertujuan untuk menyelesaikan masalah Spirit tetapi dengan cara damai. Kotori meminta Shidou untuk menolong Spirit itu dengan menyegel kekuatannya. Caranya adalah dengan membuat Spirit itu jatuh cinta padanya. Mengingat wajah menderita gadis itu, Shidou setuju untuk bergabung dengan Ratatoskr dan menyelamatkannya.

Singkatnya, Shidou berhasil menyelamatkan gadis itu. Gadis itu ia beri nama Tohka. Setelah Tohka berhasil terselamatkan, muncul Spirit lain yaitu Yoshino. Tentu Shidou berusaha menyegel kekuatannya. Dari sinilah ceritanya menjadi lebih kompleks. Dalam usahanya menyegel kekuatan Yoshino, Shidou juga harus menjaga perasaan Tohka agar tidak cemburu. Jika perasaan Tohka hilang kekuatannya yang tersegel akan kembali.

Selanjutnya munculah sosok Spirit psychopatic killer, yaitu Kurumi Tokisaki. Dengan sifat yangire-nya, Shidou dibuat kesulitan untuk menanganinya. Bahkan Shidou dibuat trauma dengan ulahnya, yaitu Kurumi membunuh beberapa orang dengan sadis di depan Shidou.

Date A Live tak hanya soal mengencani Spirit. Konflik kerap terjadi dengan anggota AST. Apalagi salah satu anggotanya adalah Origami, teman sekelas Shidou yang mempunyai dendam mendalam terhadap Spirit. Origami juga menyukai Shidou. Pertengkaran memperebutkan Shidou dengan Tohka pun tak dapat dihindari.

Lanjutan cerita:

Di lain hari, Shidou berhasil melakukan pendekatan dengan Spirit berpakaian ungu itu dan ia berhasil mengajaknya berkencan. Spirit tanpa nama itu Shidou beri nama "Tohka". Dalam kencannya dengan Tohka, Shidou dibantu oleh Ratatoskr. Selanjutnya Shidou memberitahu Tohka jika tidak semua orang di dunia bermaksud membunuhnya.

Secara tak sengaja, Origami menembak Shidou yang menyebabkannya terbunuh. Tohka marah dan menyerang Origami habis-habisan hingga Halvanhelev-nya tak terkendali. Ketika itu, tiba-tiba Shidou hidup kembali. Ia dan Tohka melakukan kiss dan kekuatan Tohka berhasil disegel.

Suatu hari Spirit lain yang bernama Yoshino muncul. Dalam usahanya menyegel kekuatan Yoshino, Shidou mengalami kesulitan. Karena jika Shidou mendekati Yoshino, Tohka akan cemburu dan kekuatannya terlepas. Namun akhirnya Tohka mau mengerti dan ia mendukung Shidou untuk menyelamatkan Yoshino. Akhirnya, Shidou berhasil menyegel kekuatan Yoshino.

Suatu hari satu murid misterius yang bernama Kurumi Tokisaki pindah ke kelas Shidou. Ia mengaku sebagai Spirit, membuat Shidou, Tohka, dan Origami terkejut. Ratatoskr memebenarkan status Kurumi sebagai Spirit, dan Shidou diberi misi untuk menyelamatkannya. Namun, sedikit sulit karena Kurumi memiliki sifat yang sulit ditebak. Terkadang agresif dan terkadang feminin.

Shidou mengencani Kurumi dengan maksud untuk menyegel kekuatannya. Namun, kencan itu berujung mental Shidou yang rusak akibat melihat kesadisan Kurumi. Kurumi membunuh beberapa orang tanpa ampun di depan Shidou. Ketika Kurumi hendak memakan Shidou, Mana datang dan berhasil membunuh Kurumi. Shidou tidak ingin Mana membunuhnya, tetapi Mana berkata bahwa Kurumi akan muncul kembali meskipun dibunuh berkali-kali.

Keesokan harinya memang Kurumi muncul kembali. Shidou mengatakan pada Kurumi jika ia pasti akan menyelamatkannya. Kurumi menggunakan kekuatannya untuk menyerap "waktu" semua orang yang ada di sekolah. Yang tidak terpengaruh dengan kekuatan itu adalah Shidou, Tohka, dan Origami. Mereka bersama Mana bertarung melawan Kurumi, tetapi mereka kewalahan. Tiba-tiba Kotori datang mengenakan sebuah Astral Dress, dan ia memanggil sebuah Angel yang bernama Camael. Shidou tekejut melihat Kotori yang saat itu adalah Spirit. Sesaat setelah itu Origami tak sadarkan diri.

Kotori bertarung melawan Kurumi di atas gedung sekolah. Dengan Camael, Kotori berhasil merusak Zafkiel dan membuat Kurumi terpojok. Ketika Kotori akan membunuh Kurumi dengan Camael, Shidou melindungi Kurumi. Kotori berhasil sadar dan serangan Camael meleset, tetapi menyebabkan Shidou tak sadarkan diri. 

Shidou terbangun di markas Ratatoskr, dan Reine memberitahu Shidou jika semua selamat. Mana dan Origami dibawa ke rumah sakit, Kurumi berhasil kabur, dan Tohka hanya kelelahan. Shidou menemui Kotori yang sedang diisolasi disuatu ruangan. Setelah mereka bercakap-cakap, akhirnya terungkap jika Kotori adalah Spirit. Ia berubah menjadi Spirit lima tahun lalu, saat terjadi insiden kebakaran besar di Kota Tengu. Namun, baik Kotori maupun Shidou tidak dapat mengingat penyebab Kotori menjadi Spirit. Kotori menduga ada yang menghapus ingatan mereka berdua.

Selanjutnya, Shidou menemui Origami di rumah sakit. Origami memberitahu Shidou bahwa Spirit api yang muncul kemarin adalah Spirit yang telah membunuh kedua orang tuanya dalam insiden kebakaran besar Kota Tengu lima tahun lalu. Origami bersumpah akan membunuh Spirit itu. Sejak saat itu Shidou terus memikirkan keadaan Kotori dan kata-kata Origami.

Shidou melihat rekaman insiden kebakaran Kota Tenguu 5 tahun yang lalu. Disana ia melihat dirinya dan Kotori. Namun, masih ada satu sosok lagi disamping Kotori yang tidak terlihat jelas. Ketika Shidou berusaha mengingat kejadian itu, ia jatuh pingsan.

Shidou berkencan dengan Kotori, Tohka dan Yoshino juga ikut. Dengan kencan ini, Shidou dan Ratatoskr berencana untuk menyelamatkan Kotori dengan menyegel kembali kekuatannya. Ditengah kencan mereka, Origami datang menyerang Kotori dengan menggunakan senjata terlarang milik DEM. Kotori berubah ke mode Spiritnya dan bertarung melawan Origami. Shidou hanya bisa melihat dan berteriak agar mereka berhenti, meski mereka tak menghiraukannya.

Mengetahui fakta jika ia yang membunuh orang  tua Origami, Kotori menjadi tak berdaya dan menyesal. Origami yang dipenuhi dendam menembak Shidou dan Kotori, Tohka dan Yoshino datang menolong. Mereka berdua menghalangi Origami, dan Shidou berusaha menyegel kekuatan Kotori. Diakhir, Shidou meyakinkan Origami jika ada Spirit lain yang menyebabkan kedua orang tuanya mati, bukan Kotori.