Pada season kedua ini muncul roh-roh baru seperti Yuzuru Yamai, Kaguya Yamai dan Izayoi Miku, dan juga muncul karakter-karakter baru lainnya.

Shido dan teman teman sekelasnya berwisata ke sebuah pulau, sesampainya di pulau tersebut terjadi lah badai besar yang disebabkan oleh 2 roh angin yaitu Yuzuru Yamai dan Kaguya Yamai. Mereka berdua bertengkar memperebutkan nama Yamai. Shido berhasil melerai  mereka berdua, tetapi Kaguya dan Yuzuru merubah peraturan pertandingannya yang tadinya adu fisik menjadi adu pesona untuk mendapatkan Shidou.

Ya terjadilah kesalahpahaman antara Tohka dan Origami saat melihat mereka berdua, tapi pada akhirnya Tohka dan Origami mendukung mereka. Kaguya berguru ke Tohka untuk mendapatkan Shidou, sementara Yuzuru berguru ke Origami. Pertarungan sengit pun terus terjadi antara mereka berdua. Sampai saat pemilihan, Shidou sempat kaget karena Kaguya menyuruh Shidou untuk memilih Yuzuru, dan sebaliknya Yuzuru menyuruh Shidou untuk memilih Kaguya. Tentu ini adalah pilihan yang berat, karena jika Shidou memilih salah satu diantara mereka maka yang satu akan menghilang. Yuzuru dan Kaguya sebenarnya saling menyayangi walau mereka berdua terus bertengkar, bahkan mereka berdua rela mengorbankan diri mereka agar salah satu dari mereka tetap ada.

Setelah mengetahui bahwa Yuzuru menyuruh Shidou untuk memilihnya, Kaguya marah. Dan hal yang sama terjadi kepada Yuzuru yang juga marah karena Kaguya menyuruh Shidou untuk memilihnya. Mereka berdua pada akhirnya kembali bertarung dan menyebabkan badai yang amat dahsyat. Shidou berusaha melerai mereka berdua dan menunjukan bahwa mereka berdua sebenarnya saling menyayangi, dan ada hal menyenangkan jika dilakukan oleh mereka berdua. Pada akhirnya Yuzuru dan Kaguya mengakui bahwa mereka saling menyayangi dan tidak ingin salah satu dari mereka menghilang. Mereka berdua ingin terus bersama, dan akhirnya mereka berdua bedamai dan setuju kalau Shidou adalah milik mereka berdua.

Selanjutnya muncul roh baru bernama Izayoi Miku, dia adalah seorang diva yang sudah terkenal. Shido sempat kesulitan untuk menaklukan Miku, karna Miku adalah seorang Yuri (lesbian). Hal ini membuat Shidou harus menyamar menjadi seorang perempuan. Pada awalnya rencana ini berjalan dengan mulus, tapi pada akhirnya penyamaran Shidou ketahuan dan membuat Miku membencinya.

Ditengah tengah usaha Shidou Dalam menyegel kekuatan Miku, Tohka diculik oleh organisasi bernama DEM. Organisasi yang menaungi AST, DEM juga menyerang festival antar sekolah. Tujuan DEM menculik Tohka adalah untuk membuat kekuatan Tohka yang sebenarnya keluar. Shidou pun berusaha untuk menyelamatkan Tohka dibantu oleh roh-roh yang lainnya, bahkan Kurumi pun ikut membantu. Dan Miku pun juga terpaksa membantu Shidou. Disinilah Miku melihat bahwa Shidou bukanlah orang yang ia kira. Shidou tidaklah sama dengan laki-laki lain yang ia benci (alasan Miku menjadi yuri karna ia trauma dengan laki-laki dan membencinya).

Disini juga misteri tentang siapa itu Shidou sedikit terungkap. Isaac Ray Pelham sepertinya mengetahui siapa itu Shidou, kedua orang tuanya dan kejadian 5 tahun lalu yang mengakibatkan Kotori berubah menjadi seorang roh. Walaupun tidak dijelaskan, tapi Isaac berkata "selamat tinggal, semoga kita bertemu lagi Takamiya-kun". Shidou diangkat menjadi anak angkat oleh keluarga Itsuka, dan marga sebelum Itsuka adalah Takamiya. Jadi hal ini yang membuat mimin ingin Date A Live ada season tiga-nya.

Disini kekuatan Tohka bangkit karena ia melihat Shidou ditusuk dengan pedang oleh Ellen Mira Mathers, sehingga Tohka berubah menjadi Dark Tohka. Senjata Tohka yang biasanya Sandalphon Berubah menjadi Helevenhelev. Kekuatan dari Dark Tohka sangat kuat walau sudah dilawan oleh Yamai bersaudara, Yoshino dan juga Miku. Bahkan Miku sudah menyerah dan hampir mati. Tapi Shidou berhasil menyelamatkannya dan menunjukan kesungguhannya untuk menyelamatkan Tohka. Pada akhirnya Tohka tersadar dan meminta maaf kepada yang lainya. Disinilah Miku jauh cinta dengan Shidou, dan Shidou berhasil menyegel kekuatannya.